Ninjutsu, je nach Auslegung auch Budo Taijutsu oder Ninpo Taijutsu, trainieren wir im Bujinkan nach Soke Masaaki Hatsumi. Es vereinigt die Essenzen von neun japanischen Kampfkunsttraditionen, deren Ursprünge viele Jahrhunderte zurückreichen.
Neben der Entwicklung der technischen Fähigkeiten dient das Training dem Einschätzen und Nutzen der richtigen Distanz und das korrekten Timings, der Beeinflussung der Balance, des Bewegens im Rhythmus eines Kampfes und das instinktive Einschätzen und Lösen unterschiedlichster Situationen.
Begonnen wird das Training in der Regel mit waffenlosem Kampf (Taijutsu) oder auch "die Kunst den Körper zu bewegen". Dies beinhaltet unter Anderem Schlag- und Tritttechniken, Hebel, Fallschule und Würfe.
Fortgeschrittene Schüler üben sich im Umgang mit den klassischen japanischen Waffen Kurzstock (Hanbo oder Sanshakubo), Langstock (Rokushakubo) und Schwert (Ken). Später wird das Training ausgedehnt auf verschiedenste Waffen und Hilfsmittel von Messer und Kurzschwert bis hin zu Speer und Seilwaffen.